Bioinformatika adalah ilmu terapan dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatika tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.
Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini sangat didukung oleh teknologi informasi melalui perkembangan hardware dan software. Salah satu contohnya dapat dilihat pada upaya Celera Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat yang melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal memanfaatkan teknologi informasi sehingga bisa melakukan pekerjaannya dalam waktu yang singkat (hanya beberapa tahun).
Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam lahirnya bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru dalam rekayasa genetika organisme yang dikenala bioteknologi. Perkembangan bioteknologi dari bioteknologi tradisional ke bioteknologi modren salah satunya ditandainya dengan kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan manipulasi DNA.
Bioinformatika ialah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam amino.
Bioinformatika pertama kali dikemukakan pada pertengahan 1980an untuk mengacu kepada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Meskipun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika seperti pembuatan pangkalan data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologi telah dilakukan sejak tahun 1960an.
Kemajuan teknik biologi molekuler dalam mengungkap sekuens biologi protein (sejak awal 1950an) dan asam nukleat (sejak 1960an) mengawali perkembangan pangkalan data dan teknik analisis sekuens biologi. Pangkalan data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960an di Amerika Serikat, sementara pangkalan data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970an di Amerika Serikat dan Jerman pada Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (European Molecular Biology Laboratory).
Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang dapat diungkapkan pada 1980an dan 1990an. Hal ini menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, yang meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.
Perkembangan jaringan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Pangkalan data bioinformatika yang terhubungkan melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam pangkalan data tersebut serta memperoleh sekuens biologi sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.
Pangkalan Data sekuens biologi dapat berupa pangkalan data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat dan protein, pangkalan data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan pangkalan data struktur untuk menyimpan data struktur protein dan asam nukleat.
Pangkalan data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat), EMBL (the European Molecular Biology Laboratory, Eropa), dan DDBJ (DNA Data Bank of Japan, Jepang). Ketiga pangkalan data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing pangkalan data. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi (pengumpulan) langsung dari peneliti individual, proyek sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam pangkalan data sekuens asam nukleat pada umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), nama organisme sumber asam nukleat tersebut, dan segala sesuatu yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.
Selain asam nukleat, beberapa contoh pangkalan data penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (Protein Information Resource, Amerika Serikat), Swiss-Prot (Eropa), dan TrEMBL (Eropa). Ketiga pangkalan data tersebut telah digabungkan dalam UniProt, yang didanai terutama oleh Amerika Serikat. Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang pada umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.
Perangkat bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan pangkalan data sekuens Biologi ialah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Penelusuran BLAST (BLAST search) pada pangkalan data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens baik asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing atau untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.
PDB (Protein Data Bank, Bank Data Protein) ialah pangkalan data tunggal yang menyimpan model struktur tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR, dan mikroskopi elektron). PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein atau pun asam nukleat.


 sumber : http://bioinformatika-q.blogspot.com/


Abstraksi

Jurnal ini dimaksudkan untuk membahas hal yang berkaitan dengan manajemen jaringan lalu lintas. Enterprise menengah dan besar berasumsi bahwa mereka harus mengawasi jaringan lalu lintas untuk memastikan bahwa strategi mereka selalu mendapatkan sumber daya yang dibutuhkan untuk mendapatkan hasil optimal. Lalu lintas jaringan membutuhkan alokasi bandwidth yang bijak, seperti menjamin bandwidth minimum, prioritas tinggi atau rendah masing-masing user, dan lain-lain. Hal ini disebut Manajemen Jaringan Lalu Lintas.

Pendahuluan
Jaringan komputer merupakan sebuah komunikasi data sistem yang berhubungan dengan sistem komputer di berbagai situs yang berbeda. Sebuah jaringan dapat terdiri dari kombinasi LAN, atau WAN. Ada banyak pertukaran informasi pada jaringan dalam bentuk permintaan, respon dan kontrol data. Data ini pada dasarnya dalam bentuk paket yang berlalu-lalang di jaringan. Hal ini menyebabkan keterlambatan dalam kegiatan komunikasi. Pada akhirnya menghasilkan kemacetan di jaringan. Ini adalah contoh sederhana Lalu Lintas Jaringan. Lalu lintas jaringan dapat menjadi beban pada perangkat komunikasi dan sistem. Lalu lintas pada jaringan kini telah mengakibatkan enterprise menengah dan besar menyadari bahwa mereka harus mengontrol perilaku lalu lintas jaringan untuk memastikan bahwa aplikasi strategis mereka selalu mendapatkan sumber daya yang mereka butuhkan agar sistem berjalan secara optimal.


Teknik Untuk Mengukur  Lalu Lintas Jaringan
Salah satu cara termudah untuk memahami Lalu Lintas Jaringan untuk mempertimbangkan analogi dengan lalu lintas jalan. pertimbangkan bahwa ada keadaan darurat dan seseorang telah jatuh sakit dan harus dilarikan ke rumah sakit. Tapi ketika ambulans mencoba untuk membuat jalan melalui jalan kota, ia menemukan jalan benar-benar diblokir dengan mobil dan bus. Solusi untuk situasi ini akan untuk seorang polisi lalu lintas untuk masuk dan mengelola lalu lintas. Dia pertama kali akan mengukur lalu lintas, dan kemudian memprioritaskan lalu lintas. Ambulans akan mendapatkan prioritas tertinggi dan jalan akan dibuat kosong untuk ambulans untuk lulus. Serupa halnya dengan Lalu Lintas Jaringan. Ketika Anda mengirim permintaan pada jaringan,
karena beberapa masalah atau permintaan lain anda harus menunggu untuk beberapa waktu. Jika selama periode waktu jumlah paket mengantri dan menunggu maka menghasilkan lalu lintas. Setelah lalu lintas dibuat, Anda harus menunggu sampai selesai,yang dapat untuk waktu yang lama, tergantung pada situasi. Jadi, harus ada beberapa cara untuk menangani situasi ini. Solusi untuk ini adalah Manajemen Jaringan Lalu Lintas dan prosesnya dimulai pertama dengan mengukur lalu lintas pada jaringan.

Alasan Untuk Mengukur Lalu Lintas Jaringan
Berikut ini adalah alasan mengukur lalu lintas jaringan :
  • Layanan pemantauan.
  • Jaringan perencanaan.
  • Biaya pemulihan.
  • Penelitian.
Lalu Lintas Internet
Metrik kinerja dasar lalu lintas internet bisa terdaftar sebagai :
  • Packet loss
  • Keterlambatan
  • Throughput
  • Ketersediaan

Pengendali Untuk Pengukuran
Ada beberapa pengendali lain yang berkaitan dengan persyaratan pengukuran, yaitu :
  • Harga
  • Tingkat Perjanjian Layanan
  • Baru layanan
  • Aplikasi
Jaringan Pengukuran Lalu Lintas
Manajemen lalu lintas ditempatkan di WAN pada situs perusahaan. Disinilah LAN berkecepatan tinggi memenuhi link akses yang lebih rendah dari kecepatan WAN. Persimpangan LAN/WAN adalah jalur internet dan lalu lintas masuk dan keluar intranet perusahaan. Membatasi atau memblokir sumber daya jaringan yang tersedia untuk lalu lintas sembrono atau tidak diinginkan meningkatkan kinerja ERP, CRM, dan lainnya. Selain pemantauan lalu lintas di tepi jaringan, ada masalah performa murni untuk dipertimbangkan. WAN biasanya lebih lambat dari LAN karena alasan anggaran. Faktor lain yang perlu dipertimbangkan adalah sebagian besar aplikasi telah dikembangkan untuk berjalan di LAN. Jaringan lokal pada umumnya bebas dari kemacetan dan di bawah kontrol dari sebuah departemen IT internal. Tidak hanya link akses WAN lebih lambat, tetapi layanan WAN juga dapat jatuh di bawah linkup manajemen penyedia jaringan ganda. Mengatur lalu lintas di segmen jaringan membantu organisasi terdistribusi yang bergantung pada WAN untuk melayani pengguna remote dengan sumber daya yang terpusat. Dalam kebanyakan kasus, jaringan administrator menggunakan GUI untuk mengatur parameter untuk beberapa bisnis penting.


Analisis Lalu Lintas
Setelah pemantauan berturut-turut selama beberapa tahun, LAN dan WAN telah terlihat mengikuti pola yang berbeda.


Manajemen Lalu Lintas
Melihat gambar di bawah ini akan membuat pemahaman yang lalu lintas jaringan sebelum dan setelah dikelola lebih jelas. Angka ini adalah penggambaran media transmisi. Misi aplikasi kritis yang tersisa dengan hanya sekitar 40% bandwidth yang artinya mungkin akan ada penundaan dalam transmisi data atau pengolahan transaksi. Di sinilah peran manajemen lalu lintas.
          Pengguna dapat mengambil keputusan mengenai berapa banyak jumlah bandwidth yang ia ingin dijaga khusus untuk misi kritis aplikasi dan kemudian sisanya dapat digunakan untuk yang lain. Kita dapat melihat bahwa lalu lintas telah dikelola sedemikian rupa sehingga maksimum bandwidth yang (hampir 70%) telah disediakan untuk misi kritis aplikasi. 5% dari bandwidth tidak digunakan. Aplikasi normal dibiarkan dengan hanya sekitar 25% dari bandwidth.


Kesimpulan
Dengan adanya manajemen lalu lintar jaringan, kita dapat menentukan mana yang lebih diprioritaskan dan tetap menjaga kualitas jaringan di lingkungan enterprise.

Copyright 2009 - :)

Blogspot Theme designed by: Ray Creations, Ray Hosting.